Juan Carlos Scannone war der erste Gastprofessor für Theologie Interkulturell und Studium der Religionen, der an die Theologische Fakultät Salzburg eingeladen wurde. Im Wintersemester 1992/93 hielt er in Salzburg eine Lehrveranstaltung zum Thema „Die lateinamerikanische Theologie als Interkulturelle Theologie“. Am 15. Mai 2013 fand ein Gastvortrag an der Salzburger Theologischen Fakultät statt; Scannone sprach zum Thema: „Zur Grundlegung solidarischer Universalität aus der Sicht christlicher Philosophie in Lateinamerika“. 
Das Zentrum Theologie Interkulturell und Studium der Religionen an der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Salzburg behält Juan Carlos Scannone als großen Repräsentanten interkultureller Philosophie und lateinamerikanischer Befreiungstheologie, aber auch als liebenswürdigen und aufmerksamen Gesprächspartner in dankbarer Erinnerung.
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