Die Pastoraltheologie besteht in Salzburg als Teilgebiet der Praktischen Theologie (mit den Fächern Religionspädagogik, Liturgiewissenschaft, Moraltheologie, Christliche Gesellschaftslehre und Kirchenrecht). Diese Zusammenlegung vormaliger Institute erfolgte 2002.
Pastoraltheologie wird an diesem Studienort bereits seit 1811 gelehrt, früher hatte sie vor allem die Aufgabe, die künftigen Seelsorger in ihre „Hirtentätigkeit“ einzuüben sowie jenes Wissen in der Praxis anwenden zu können, das von anderen theologischen Disziplinen vorgegeben wurde. Dieses eher „pastoral-technische“ Selbstverständnis hat sich mittlerweile verändert.

Im Zentrum der pastoraltheologischen Forschung stehen nun:

• Die Arbeit an der Umsetzung des Verständnisses von „Pastoral“, wie es nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil verbindlich wurde
• Die Reflexion der kirchlichen Praxis in der Welt von heute
• Der wechselseitige, kritische Dialog zwischen der christlichen Botschaft und der je gegenwärtigen Situation
• Die daraus erforderliche Zusammenarbeit mit den Human- und Sozialwissenschaften (insbesondere Soziologie und Psychologie)

Ziel und Aufgabe der pastoraltheologischen Lehre ist es daher:

• Die Studierenden für die Lebensrealitäten der Menschen sensibel und für den Umgang mit Menschen kompetent zu machen.
• Nicht nur Wissen, sondern auch Erfahrung ermöglichen und dazu anleiten, Theologie vom Menschen her zu betreiben; das erfordert einen persönlichkeitsorientierten Arbeitsstil, der auch die Arbeitsweise am Institut bestimmt.
• Die theologisch-kommunikativen Kompetenzen von Studierenden so zu fördern, dass sie zu einer verantwortlichen Teilnahme am gesellschaftlichen Diskurs und in der kirchlichen Praxis befähigt sind.